Superboy-Prime aparece pela primeira vez na revista DC Comics Presents #87 de Novembro de 1985 e foi criado por Elliot S. Maggin e Curt Swan.
O Superboy-Prime é um Kal-El de uma realidade alternativa e vive num planeta a que chama de Earth-Prime e onde os heróis da DC são apenas personagens de ficção. Um bebé encontrado numa floresta por Jerry e Naomi Kent é baptizado de Clark Kent em honra da personagem de ficção Superman de que tanto gostam. O que eles não sabem é que o bebé é realmente um Kriptoniano que foi teleportado para Earth-Prime pelos seus pais verdadeiros no evento da destruição do seu planeta Kripton. Os seus poderes só se manifestaram mais tarde durante a poubredade e aquando da passagem do cometa Halley e do começo dos eventos que levaram à Crisis in Multiple Earths. E assim que o Superman da Earth 1 encontra o caminho para Earth Prime e conheçe o Superboy-Prime. O Universo Prime é então destruído nos eventos da Crisis e Superboy-Prime, unico sobrevivente desse universo, fica a viver numa dimensão paradisíaca juntamente com Alexander Luthor Jr. da Earth 3 e o Superman e Lois Lane de Earth 2.
Anos mais tarde e mais recentemente Superboy-Prime ressurge no evento da Infinite Crisis e vem para Earth 1 com a ajuda do Superman da Earth 2 que abre um portal para esta dimensão. Aqui apresentam-se a Batman e a Power Girl e é aqui que Kal-el conhece Conner, o Superboy desta dimensão. Com inveja da vida de Conner, Kal ataca-o mas Conner activa o sinal de emergência dos Teen Titans que vêm em seu socorro com a ajuda da Justice Society of America e da Doom Patrol. Neste conflito, Pantha é morta por acidente e depois de chocado com as suas acções é aprisionado na Phantom Zone por Speedy.
Consegue escapar mas pouco tempo depois Bart Allan, Jay Garrick e Wally West conseguem aprisioná-lo com a Speed Force e enviam-no para uma dimensão onde existe um Sol vermelho que o priva dos seus poderes e onde fica durante 4 anos.
Acaba por escapar e agora vestido com uma armadura, derivada da armadura dos
Antimonitors, que o alimenta constante mente de luz amarela do Sol, enfrenta alguns dos heróis no final do evento Infinite Crisis. É neste evento que Conner é morto indirectamente pelas acções de Superboy-Prime. Com os herois da Terra em sua preseguição, foge em direcção a Oa, o planeta dos Green Lanterns com o intuito de usar a energia da Lanterna Central, para causar um novo Big Bang e refazer o universo.
Com a tropa dos Green Lanterns a tentar detê-lo, Superboy-Prime ainda consegue matar 32 membros da tropa. É detido por Superman que destroi a sua armadura e o enfraquece deixando-o inconsciente. São os Green Lanterns que o capturam e que salvam a vida de Superman.
Superboy-Prime é então aprisionado pelos Guardians of the Galaxy e guardado por 50 Green Lanterns. Meses mais tarde é libertado da sua prisão por Sinestro durante a Sinestro Corps War e junta-se aos vilões no ataque a Oa.
Durante este conflito Superboy é enviado para outro universo.
Assim que os eventos de Final Crisis começam surge um novo Superboy-Prime, que regressa do universo onde estava e que, tendo descoberto um novo multiverso, salta de realidade em realidade com o objectivo de encontrar novamente a sua Earth Prime. Quando chega à Earth 51 descobre que este mundo perfeito foi destruido por Monarch e resolve vingar-se. Na batalha que se segue a sua furia acaba por danificar a armadura de Monarch que explode e liberta uma quantidade tal de energia que faz com que esse universo entre em colapso e desapareça.
É o Time Trapper que encontra o Superboy-Prime perdido no tempo e que o usa para as suas intenções maléficas. Mais tarde ele regressa à sua dimensão Earth Prime devido a um paradoxo temporal. Uma vez em casa volta para a vida com a sua família e recentemente foi tentado a pertencer à tropa dos Black Lanterns por ter a capacidade de espalhar terror.
No entanto ele consegue resistir à tentação...